Pendidikan kebidanan di Akademi Kebidanan YLPP diselenggarakan sejak tahun akademik 2002/2003 setelah turun ijin dari Menteri Pendidikan Nasional dengan Surat Keputusan Menteri
Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 122/D/O/2002 tanggal 8 Juli 2002 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi dan Pendirian Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto. Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto dinyatakan berdiri secara resmi pada tanggal 28 September 2002. Pada tanggal 30 April 2008 turun Surat Keputusan Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan Program Studi Kebidanan pada Akademi Kebidanan YLPP dengan nomor 1374/D/T/2008.
Seiring berjalannya waktu untuk menghasilkan tenaga kesehatan dalam hal ini bidan bermutu yang mampu mengemban tugas dalam pembangunan kesehatan dan memenuhi standar kelayakan pendidikan kesehatan, maka Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto telah melakukan proses akreditasi atau penilaian terhadap penyelenggaraan pendidikan oleh tim dari Departemen Kesehatan Republik Indonesia. Dari hasil akreditasi tersebut, Akbid YLPP memperoleh sertifikat terakreditasi dengan Surat Keputusan Kepala Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan Badan PPSDM Kesehatan Departemen Kesehatan Republik Indonesia No. HK.00.03.2.2.0044 tanggal 20 Februari 2007 tentang Penetapan Strata Akreditasi Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto Propinsi Jawa Tengah dengan jenjang yang ditetapkan strata B dengan nilai 80,57.
Akbid YLPP Purwokerto pada bulan Oktober 2012 masuk ke dalam 24 Perguruan Tinggi se Indonesia yang dinilai telah mengimplementasikan SPMI dengan baik berdasarkan Surat Kepmendiknas Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No. 0301/024/2011 perihal Pengumuman Hasil Evaluasi Diri Implementasi SPMI Perguruan Tinggi Tahun 2010.
Pada tanggal 26 s.d. 27 Juni 2011 Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto telah divisitasi oleh Tim Asesor dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi sampai akhirnya turun Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor : 011/BAN-PT/Ak-XI/Dpl-III/VIII/2011 tanggal 18 Agustus 2011 tentang Status, Nilai, Peringkat dan Masa Berlaku Hasil Akreditasi Program Diploma di Perguruan Tinggi. Akreditasi BAN PT berakhir pada tanggal 18 Agustus 2016, sehingga sebelum batas waktu berakhir, Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto mengajukan akreditasi BAN PT untuk program studi. Akreditasi program studi untuk institusi kesehatan dilaksanakan oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM-PTKes). Setelah melalui proses visitasi, akhirnya diterima SK LAM-PTKes Nomor 0725/LAM-PTKes/Akr/Dip/VII/2016 Tanggal 31 Juli 2016 yang menetapkan bahwa Status Akbid YLPP Purwokerto adalah TERAKREDITASI dengan nilai B (BAIK).
Pada tanggal 4 April 2019 STIKes YLPP Purwokerto akhirnya mengalami perubahan bentuk dari Akademi Kebidanan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan berdasarkan SK Nomor 250/KPT/I/2019. Kini STIKes YLPP Purwokerto hadir dengan dua Program Studi unggulan yaitu Diploma Tiga Kebidanan dan Sarjana Farmasi.
Seiring berjalannya waktu, pada tanggal 23 Februari 2021 STIKes YLPP Purwokerto telah beralih lokasi ke Kabupaten Cirebon sesuai dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 57/E/O/2021 Tentang Izin Perubahan Lokasi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan YLPP Purwokerto dari Kabupaten Banyumas ke Kabupaten Cirebon yang diselenggarakan oleh Yayasan Lembaga Pendidikan Prada Purwokerto.