Susunan organisasi pada Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto terdiri atas unsur sebagai berikut:
A. Unsur Pimpinan, yaitu:
1. Direktur, yang memiliki tugas memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, pembinaan sivitas
akademika dan tugas administrasi serta hubungan dengan lingkungan
2. Pembantu Direktur Bidang Akademik (PuDir I), membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat
3. Pembantu Direktur Bidang Administrasi Umum dan Keuangan (PuDir II) membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang administrasi umum, keuangan dan kepegawaian.
4. Pembantu Direktur Bidang Kemahawasiswaan (PuDir III) membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang pembinaan
dan layanan mahasiswa
B. Pusat Penjamin Mutu Internal merupakan pusat merupakan unit yang mengawasi penyelenggaraan pendidikan secara berkelanjutan. Tim
penjamin mutu terdiri dari ketua pusat penjamin mutu, dan staf pengendali dokumen dan pengendali audit.
C. Unsur Pelaksana Administrasi, yaitu Administrasi akademik dan Kemahasiswaan, Administrasi Umum dan Keuangan
D. Unsur Pelaksana Akademik, yaitu Pelaksana Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (P3M)
E. Unsur Unit Pelaksana Teknis (UPT) yaitu Perpustakaan, Laboratorium dan Multimedia
Adapun struktur organisasi Akademi Kebidanan YLPP Purwokerto dapat dilihat pada halaman Struktur Organisasi.